മതഭീകരവാദികള്‍ കഴുത്തു മുറുക്കിക്കൊന്ന ചേകന്നൂര്‍ മൗലവി രക്തസാക്ഷിയായിട്ട് മൂന്ന് പതിറ്റാണ്ടുകൾ കഴിഞ്ഞിട്ടും ആ പേര് പോലും മതമൗലികവാദികകള്‍ക്ക് ഞെട്ടലുളവാക്കുകയാണ്. കടം കയറി മുങ്ങിയ മൗലവി നാടുവിട്ടതാണെന്ന് പ്രചരിപ്പിച്ച ഒരു ‘മാധ്യമം’ മുതല്‍ ‘ശേഖരന്‍ നായര്‍’ എന്ന് വിളിച്ചാക്ഷേപിച്ച വെള്ള വസ്ത്രധാരികള്‍ക്ക് വരെ മൗലവി പ്രചരിപ്പിച്ച സത്യപ്രകാശത്തെ അംഗീകരിക്കാന്‍ പറ്റുന്നതായിരുന്നില്ല.
1993 ജൂലൈ 29ന് രാത്രി മലപ്പുറം എടപ്പാള്‍ കാലടി ഗ്രാമപഞ്ചായത്തിലെ കാവില്‍പ്പടിയിലുള്ള വീട്ടില്‍ നിന്നാണ് മതപ്രഭാഷണത്തിനെന്ന വ്യാജേന മൗലവിയെ പടിയിറക്കിക്കൊണ്ടുപോയത്. നമ്പര്‍ പ്ലേറ്റില്ലാത്ത ജീപ്പിലാണ് സംഘം എത്തിയത്. വഴിമധ്യേ കഴുത്തില്‍ മുണ്ടുമുറുക്കി ശ്വാസം മുട്ടിച്ച് കൊല്ലുകയായിരുന്നുവെന്നാണ് കേസ് അന്വേഷിച്ച സിബിഐ 2000 നവംബര്‍ ഏഴിന് സ്ഥിരീകരിച്ചത്.
ഖുറാനിലെ ഹദീസുകള്‍ക്കെതിരെ നിലകൊള്ളുകയും മുസ്ലിം സ്ത്രീകള്‍ക്കുള്ള ജീവനാംശ വിഷയത്തില്‍ മതമൗലികവാദികളുടെ നിലപാടുകള്‍ക്കെതിരെ നിലപാടെടുക്കുകയും കപട മതേതര രാഷ്ട്രീയ നിലപാടിനെ ചോദ്യം ചെയ്യുകയും ചെയ്ത ചേകന്നൂര്‍ മൗലവിയുടെ വധം പലരേയും സന്തോഷിപ്പിക്കുന്നതായിരുന്നു.
1993 ജൂലൈ 31 നാണ് അമ്മാവന്‍ കെ.കെ. സാലിംഹാജി മൗലവിയെ കാണാനില്ലെന്ന് പൊന്നാനി പോലീസില്‍ പരാതി നല്‍കുന്നത്. ചേകന്നൂരിന്റെ തിരോധാനത്തെക്കുറിച്ച് പോലീസ് അന്വേഷണം തുടക്കത്തിലേ അട്ടിമറിക്കപ്പെട്ടു. ഇതിനെതിരെ പ്രക്ഷോഭങ്ങളുയര്‍ന്നു. 108-ാമത്തെ വയസ്സില്‍ 1993 ആഗസ്ത് 15ന് ഇ. മൊയ്തുമൗലവി അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രി കെ. കരുണാകരനെ നേരിട്ട് കണ്ട് സിബിഐ അന്വേഷണം നടത്തണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ടുകൊണ്ട് ലോക്കല്‍ പൊലീസിന്റെ അനാസ്ഥ കരുണാകരന്റെ ശ്രദ്ധയില്‍പ്പെടുത്തി. എന്നാല്‍ സിബിഐ അന്വേഷണത്തിന് പകരം കരുണാകരന്‍ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിടുകയായിരുന്നു. മാസങ്ങള്‍ കഴിഞ്ഞെങ്കിലും അന്വേഷണത്തില്‍ യാതൊരു പുരോഗതിയുണ്ടായില്ല. രാഷ്ട്രപതി ശങ്കര്‍ദയാല്‍ ശര്‍മ, ഉപരാഷ്ട്രപതി, പ്രധാനമന്ത്രി പി.വി. നരസിംഹറാവു, കേന്ദ്ര ആഭ്യന്തര മന്ത്രി എസ്.ബി. ചവാന്‍ എന്നിവര്‍ക്ക് നേരിട്ട് മൊയ്തു മൗലവി കത്തെഴുതി. കേന്ദ്രവും കനിഞ്ഞില്ല.
കേസിന്റെ തുടക്കത്തില്‍ തന്നെ ചിലരെ ചോദ്യം ചെയ്തപ്പോള്‍ കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിലെ വന്‍തോക്കുകളെക്കുറിച്ച് വ്യക്തമായ സൂചന കിട്ടിയിരുന്നു. വാടകക്കൊലയാളികളെ ഉള്‍പ്പെടുത്തി ഗൂഢാലോചന നടത്തിയവരെയടക്കം ഉന്നതരെ സംരക്ഷിക്കാനുള്ള ശ്രമമാണ് നടന്നത്. കേസ് അന്വേഷിച്ച കോഴിക്കോട് ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഉദ്യോഗസ്ഥന്‍ വിരമിച്ച ശേഷം ആരോപണവിധേയമായ സ്ഥാപനത്തിലെ ലയ്സണ്‍ ഓഫീസറായി നിയോഗിക്കപ്പെട്ടതും വിവാദമായി.
1995 ആഗസ്റ്റ് 15ന് ചേകന്നൂര്‍ മൗലവിയുടെ കുടുംബം സിബിഐ അന്വേഷണം ആവശ്യപ്പെട്ട് സെക്രട്ടേറിയറ്റിന് മുന്നില്‍ അനിശ്ചിതകാല ഉപവാസം ആരംഭിച്ചതിന് ശേഷമാണ് മുഖ്യമന്ത്രി എ.കെ. ആന്റണിയുടെ കണ്ണ് തുറന്നത്. കേസ് സിബിഐക്ക് വിടുമെന്ന മുഖ്യമന്ത്രി എ.കെ. ആന്റണിയുടെ ഉറപ്പ് നല്‍കി. ഇതോടെയാണ് നാലാം ദിവസം ഉപവാസം അവസാനിപ്പിച്ചത്. തുടര്‍ന്ന് 1995 നവംബര്‍ പത്തിന് കേസ് സിബിഐ ഏറ്റെടുത്തു. മൗലവിയെ ശ്വാസംമുട്ടിച്ച് കൊന്നതാണെന്ന് 2000 നവംബര്‍ ഏഴിന് സിബിഐ സ്ഥിരീകരിച്ചു. നവംബര്‍ 27ന് ആലങ്ങാട് സ്വദേശി വി.വി. ഹംസ, കുഴിമണ്ണ സ്വദേശി ഇല്ല്യന്‍ ഹംസ എന്നിവര്‍ അറസ്റ്റിലായി. 2000 നവംബര്‍ 29ന് പുളിക്കലിനടുത്ത അരൂര്‍ ചുവന്നകുന്നില്‍ എസ്‌കവേറ്റര്‍ ഉപയോഗിച്ച് മണ്ണ് നീക്കിയെങ്കിലും മൃതദേഹ അവശിഷ്ടങ്ങളൊന്നും കണ്ടെത്താനായില്ല.
കോഴിക്കോട് ജില്ലയിലെ കുന്നമംഗലം കേന്ദ്രീകരിച്ച് പ്രവര്‍ത്തിച്ച സുന്നി ടൈഗര്‍ഫോഴ്സാണ് കൊലയ്ക്ക് പിന്നിലെന്ന് റിപ്പോര്‍ട്ടുകളുണ്ടായി. കേസില്‍ ഒന്‍പതു പേര്‍ക്കെതിരെയാണ് സിബിഐ കോടതിയില്‍ കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചത്. ഒന്‍പതു പ്രതികളില്‍ മൂന്നു പേരെ പൊലീസ് അറസ്റ്റു ചെയ്തു. മറ്റുള്ളവരെ പിടികിട്ടാപ്പുള്ളികളായി പ്രഖ്യാപിച്ച് സ്വത്തുക്കളും മറ്റും കണ്ടുകെട്ടാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു. ഇതോടെയാണ് വിദേശങ്ങളില്‍ ഒളിവിലായിരുന്ന പ്രതികള്‍ കോടതി മുമ്പാകെ കീഴടങ്ങിയത്. 2001 ജനുവരി 19ന് സൗത്ത് കളമശ്ശേരിക്കാരനായ പി.കെ. സൈഫുദ്ദീന്‍ പിടിയിലായി. 2002 മാര്‍ച്ച് മൂന്നിന് അന്വേഷണച്ചുമതല സിബിഐ ചെന്നൈ യൂണിറ്റിലെ പി.ടി. നന്ദകുമാര്‍ ഏറ്റെടുത്തു. 2002 ഡിസംബര്‍ 15 ന് വി.വി. ഹംസയെ ഒന്നാം പ്രതിയാക്കി ഒമ്പത് പേര്‍ക്കെതിരെ കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചു. എറണാകുളം സെഷന്‍സ് കോടതിയില്‍ 2004 ഫെബ്രുവരി 11ന് തുടങ്ങിയെങ്കിലും 36 സാക്ഷികളില്‍ ഭാര്യ ഹവ്വ ഉമ്മയും ജോലിക്കാരന്‍ ജബ്ബാറുമൊഴികെ മറ്റെല്ലാ സാക്ഷികളും കൂറുമാറിയത് പ്രോസിക്യൂഷന് തിരിച്ചടിയായി.
2005ല്‍ സിബിഐ കോടതി ജഡ്ജി കമാല്‍ പാഷ കാന്തപുരം എ.പി. അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരെ പത്താം പ്രതിയാക്കി കേസില്‍ അന്വേഷണത്തിനു ഉത്തരവിട്ടെങ്കിലും 2010ല്‍ കാന്തപുരത്തെ പ്രതിയാക്കാന്‍ തെളിവുകള്‍ ഇല്ലെന്ന സിബിഐയുടെ വാദം ഹൈക്കോടതി അംഗീകരിക്കുകയായിരുന്നു.
2010 സപ്തംബര്‍ 30 ന് വി.വി. ഹംസയ്ക്ക് ഇരട്ട ജീവപര്യന്തവും കഠിന തടവും ഒരു ലക്ഷം രൂപ പിഴയോടെ ശിക്ഷ വിധിച്ചു. എന്നാല്‍ 2018 ഒക്ടോബര്‍ 15ന് കേസില്‍ ശിക്ഷിക്കപ്പെട്ട ഏക പ്രതിയുടെ ജീവപര്യന്തവും ഹൈക്കോടതി റദ്ദാക്കുകയായിരുന്നു.
